Le Paint Horse est un cheval solide ayant une bonne santé. Sa rusticité lui permet de vivre en extérieur tout au long de l'année. Il peut néanmoins être touché par des maladies génétiques :
- Le Syndrome létal du poulain blanc (LWO) entraînant le décès du poulain dans les 48 premières heures après la naissance.
- La myopathie à stockage de polysaccharides (PSSM).
- L'hyperthermie maligne (MH)
- L'hypokaliémie périodique paralysante (HYPP).
- L'asthénie dermique héréditaire localisée équine (HERDA). La déficience en enzyme branchante du glycogène (GBED).